锅炉信息网 > 锅炉知识 > 锅炉学习

R包 VarExp

发布时间:

R包VarExp的实现(针对linux系统)1先把RCurl下载下载第一个圈或者第二个圈(忘了下载的那个了)2下载VarExp下载这个圈住的格式3在Rstudi

R包VarExp的实现(针对linux系统)



1先把RCurl下载



下载第一个圈或者第二个圈(忘了下载的那个了)

2下载VarExp



下载这个圈住的格式

3在Rstudio里安装RCurl 和VarExp

以Install去本地载入刚下载的包



点下边这个Package Archive File

4遇到没有bitops这个程辑包错误时,在Rstudio里Install 这个包



这个包就是点CRAN

5

然后继续运行会出现tabix的错误https://gitlab.pasteur.fr/statistical-genetics/VarExp/-/issues/2

这个网址里的错误跟我们一样,我们需要先下载需要下载的东西

即后边这两个网址都把东西下载了

http://bochet.gcc.biostat.washington.edu/beagle/1000_Genomes_phase3_v5a/b37.vcf/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz

http://bochet.gcc.biostat.washington.edu/beagle/1000_Genomes_phase3_v5a/b37.vcf/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz.tbi

然后下载完后还需要需要运用samtools软件里的tabix(这个软件是linux系统下的)

所以下载这个软件,往linux里输入

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

conda install samtools==1.11

(上边这里的三条命令输入到你linux系统里,然后成功后就有samtools了。这命令的基础是我安装了conda的环境)

接下来的是在R语言输入的东西

old_path <- Sys.getenv("PATH")

Sys.setenv(PATH = paste(old_path, "这里是你安装的samtools的所在位置", sep = ":"))

C <- getGenoCorMatrix(GWAS$RSID, GWAS$CHR, GWAS$POS, GWAS$A0, "EUR", pruning = FALSE, web=FALSE, path='~/Downloads/chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz')

这里最后一行的path指的是你下载的chr1.1kg.phase3.v5a.vcf.gz的所在路径

然后就可以一直运行了

精选推荐

  • 催化燃烧设备供应商
    催化燃烧设备供应商

    催化燃烧设备供应商,催化燃烧处理装置厂家,本装置是采用废气先进入喷淋塔过滤——干式过滤—-蜂窝活性碳吸附—脱附再生——催化燃

  • 该不该有模具供应商
    该不该有模具供应商

    今天红姐又来跟我探讨供应商的管理问题了。故事是这样的:供应商来料不良,原因是模具问题。而那个模具是我们找的一家模具供应商做的

  • 什么牌子高压锅好,高压锅哪个牌子好,高压锅什么牌子好,高压锅哪个品牌好
    什么牌子高压锅好,高压锅哪个牌子好,高

    1苏泊尔 双重安全阀门 高压锅双重安全阀,防烫把手,复合底。这款高压锅拥有双重安全阀门,更好的保证使用安全。搭载防烫伤把手,方便起

  • 高压锅啥牌子好,高压锅哪个牌子的好,什么高压锅牌子好,高压锅推荐选购指南
    高压锅啥牌子好,高压锅哪个牌子的好,什

    1、双喜阶梯型复底高压锅推荐理由:高压锅满足上蒸下煮,饭菜同时进行,方便快速,有效提升烹饪效率。多重安全防护,安全系数较高,家人使用

0