lammps教程:如何计算单个原子的体积
大家好,我是小马老师。本文介绍如何使用lammps命令计算单原子的体积。lammps提供了compute voronoi/atom命令计算单原子体积。基本
大家好,我是小马老师。
本文介绍如何使用lammps命令计算单原子的体积。
lammps提供了compute voronoi/atom命令计算单原子体积。
基本原理可参考voronoi算法,根据voronoi算法,把单个原子所占据的空间划分为一个多边形,也称为泰森多边形,多边形的体积即为该原子的体积。
命令例句:
compute 1 all voronoi/atom
该例句共输出两个计算结果,第一个结果为单原子的体积,第二个结果为该原子多面体的面数,也可以理解为相邻原子的数目。
因此,引用单原子体积时,直接使用c_1[1]即可。
原子体积的单位为距离单位的立方,如A3。
配合compute stress命令就可以计算并输出单原子应力:
compute 1 all stress/atom NULLncompute 2 all voronoi/atom nvariable stressx atom c_1[1]/c_2[1]ndump 1 all custom 1000 dump.xyz id type x y z v_stressx
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